O software Protheus desenvolvido pela Microsiga possui independência de banco de dados, podendo assim conectar-se a outros softwares como Oracle, PostgreSQL, DB2 etc, e também possui independência de sistema operacional rodando tanto em Windows como em Linux (embora apenas versões antigas) além de outros sistemas operacionais homologados. Trata-se de uma aplicação onde seu processamento não fica restrito somente à estação, e sim ao servidor Protheus, servidor de banco de dados e estação.